עזיבתם של חברי המועצה, בהם פרופ' משה ויגדור שכיהן בעבר כמנכ"ל המועצה, הובילה לשיתוק פעילות המועצה | פרופ׳ יופי תירוש, ממובילות העתירה לבג"ץ נגד החוק: "כעת האחריות מוטלת על המל"ג ועל המוסדות האקדמיים עצמם: לעצור כל ניסיון לפתוח תוכניות חדשות מכוח החוק הזה"